Aquellos centros, previamente reconocidos, que lo soliciten, y que sean de interés para la Comunidad Autónoma, pueden integrarse en el Sistema de Museos de Castilla y León. La integración se hace efectiva mediante un convenio administrativo que genera una serie de deberes y obligaciones. Asimismo permite acceder a una serie de beneficios relacionados en la Ley de Museos de Castilla y León.

• Museo Adolfo Suárez y la Transición (Cebreros, Ávila)
• Centro de Visitantes del Árbol Fósil (Hacinas, Burgos)
• Museo Histórico de las Merindades  (Medina de Pomar, Burgos)
• Museo de los Dinosaurios  (Salas de los Infantes, Burgos)
• Museo Romano  (Astorga, León)
• Museo del Alto Bierzo  (Bembibre, León)
• MARCA, Museo Arqueológico de Cacabelos  (Cacabelos, León) 
• Museo Sierra Pambley (León)
• Museo Etnográfico Provincial de León (Mansilla de las Mulas, León)
• Museo del Bierzo (Ponferrada, León)
• Centro de Interpretación la Comunal (Val de San Lorenzo, León)
• Museo del Castillo de Valencia de Don Juan (Valencia de Don Juan, León)
• Museo Etnográfico Piedad Isla (Cervera de Pisuerga, Palencia)
• Fundación Díaz-Caneja (Palencia)
• Museo Municipal de Escultura Mateo Hernández (Bejar, Salamanca)
• Museo de la Industria Chacinera. Guijuelo (Guijuelo, Salamanca)
• Museo Art Noveau y Art Decó. Casa Lis (Salamanca)
• Museo de Arte Contemporáneo Esteban Vicente (Segovia)
• Museo de los Ángeles de Arte Contemporáneo (Turégano, Segovia)
• Museo de los Fueros (Sepúlveda, Segovia)
• Museo del Ayer (Cogeces del Monte, Valladolid)
• Fundación Museo de las Ferias (Medina del Campo, Valladolid)
• Museo y Centro didáctico del Encaje de Castilla y León (Tordesillas, Valladolid)
• Fundación Centro Etnográfico Joaquín Díaz (Urueña, Valladolid)
• Museo de San Francisco (Medina de Rioseco, Valladolid)